施工合同中约定预付款的注意事项是：注意工程预付款的额度，不低于合同金额的10%，不高于合同金额的30%；应注意工程预付款的扣回时间和方式，一般应在工程开工后完成工程量达一定比例时支付；并可以运用担保手段来降低风险。
【法律依据】
《建设工程价款结算暂行办法》第十二条
工程预付款结算应符合下列规定：
（一）包工包料工程的预付款按合同约定拨付，原则上预付比例不低于合同金额的10%，不高于合同金额的30%，对重大工程项目，按年度工程计划逐年预付。
（二）在具备施工条件的前提下，发包人应在双方签订合同后的一个月内或不迟于约定的开工日期前的7天内预付工程款，发包人不按约定预付，承包人应在预付时间到期后10天内向发包人发出要求预付的通知，发包人收到通知后仍不按要求预付，承包人可在发出通知14天后停止施工，发包人应从约定应付之日起向承包人支付应付款的利息（利率按同期银行贷款利率计），并承担违约责任。
（三）预付的工程款必须在合同中约定抵扣方式，并在工程进度款中进行抵扣。
